El núcleo suele ser asimilado al cerebro de la célula; en efecto, no solo controla y guía el armónico desarrollo de todas las funciones celulares sino que, al contener los factores hereditarios o génicos, participa de un modo fundamental en la transmisión de los caracteres hereditarios el núcleo. Ocupa aproximadamente el centro de la célula; por lo general es un órgano solitario. No obstante, los protozoos ciliados presentan una pareja heterogénea de núcleos, diferenciables por el tamaño y la forma, denominados respectivamente macronúcleo el mayor y micronúcleo el menor. El núcleo muestra por regla general un volumen proporcionalmente variable respecto al del citoplasma. La forma del núcleo suele ser ovoide, pero presenta un aspecto múltiple según se encuentre la célula en estado de reposo o inhibición.
En el primer caso es posible observar en su interior un material granular denominado cromatina formado por ácidos nucleicos en cuyo centro son visibles uno o más gránulos muy refringentes: los nucléolos formados por ARN.
Al microscopio electrónico se distingue perfectamente una membrana nuclear formada por dos láminas de espesor de 60-70 Å y separadas por un espacio único de unos 120 Å; en determinados puntos de la superficie nuclear, la lámina externa se repliega sobre sí misma y se suelda a la interna originando los poros nucleares que representan las zonas de comunicación y de intercambio entre el interior del núcleo y el citoplasma que lo rodea. Sin embargo, los poros nucleares no deben ser considerados como puertas siempre abiertas al paso de cualquier sustancia: una serie de experiencias ha demostrado que los poros solo dejan pasar de forma selectiva e independientemente de las dimensiones, eligen las sustancias más útiles y adecuadas a las necesidades de la célula.En el segundo caso, es decir cuando la célula está próxima a la división la cromatina, se resuelve en un determinado número de corpúsculos filamentosos, los cromosomas responsables conocerán de la transmisión de la célula madre a hija de los caracteres típicos no solo de la célula en cuestión sino también del organismo en el que esta forma parte, el número la forma y las dimensiones de los cromosomas son constantes y característicos en cada especie.