Se llama axonema a la estructura interna axil de los cilios y flagelos de los eucariotas básicamente microtubular, que constituye el elemento esencial para la movilidad.
Es el conjunto de microtubulos, los cuales forman cilios. La longitud del axonema es de varios micrómetros en los cilios y puede
llegar a más de 1 mm en los flagelos. Su diámetro es de 0,2 mm.
El
axonema está rodeado por la membrana ciliar externa, que es una
dependencia de la membrana plasmática. Todos los componentes del axonema se encuentran en la matriz ciliar.
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