La necesidad de ordenar sistemáticamente las plantas y los animales, que botánicos y zoólogos hallaban cada vez en mayor número con el paso de los siglos y a través de nuevos descubrimientos, halló ya una respuesta en Aristóteles y Teofastro, los cuales pueden considerarse respectivamente como el primer zoólogo y el primer botánico.
El primero separó los animales en enemios (es decir, "con sangre") y anemios ("sin sangre"); distinguió entre los enemios a los vivipari (mamíferos), ornita (aves), tetrapoda (reptiles y anfibios) e ictia (peces).
El segundo intentó clasificar las plantas según su envergadura en árboles, frútices, sufrútices y hierbas. Además reconoció algunas agrupaciones naturales como las leguminosas, gramíneas, coníferas y palmas, intentando también adoptar un léxico botánico científico que correspondiera a la forma y a la estructura de los frutos, de las flores, de los tallos, etc.
Durante la época romana, Plinio el Viejo dividió a los animales en terrestres, acuáticos y aéreos, reuniendo, sin embargo, en un solo grupo formas muy distintas entre sí. Por ejemplo, situó a las aves junto con las mariposas y a las ballenas con los peces. Otras sistematizaciones semejantes se propusieron para los organismos vegetales.
En tiempos mas recientes, el criterio de ordenación mas racional fue ideado por el gran naturalista sueco Carl von Linné, que en el siglo XVIII fundamentó la clasificación en concepto de especie, concepto al que asignó el valor de unidad sistemática fundamental.
En el trabajo de Linné, la especie representa el conjunto de los individuos vegetales o animales que, presentando los mismos caracteres, los mantiene constantes en la descendencia. Pero Linné, atendiéndose a los dogmas religiosos propios de su tiempo, partía del supuesto de que todas las especies presentes fueron creadas por un ser infinito. Esta definición no presuponía ni sugería ninguna idea evolucionista por ello, después de la aceptación por parte de los naturalistas, biólogos y científicos de todo el mundo de la hipótesis darwiniana, también el sistema de clasificación de Linné sufrió una serie de ajustes y modificaciones.
La especie, que permanece en la base de la sistemática, se define como el conjunto de individuos que mantienen entre sí semejanzas evidentes que proceden por tanto de un tronco común originario, pueden además pueden fecundarse y además y cuya descendencia es también fértil.
Varias especies semejantes entre sí semejantes entre sí forman un género, los géneros se reagrupan en familias y estas en órdenes, los órdenes en clases, las clases en tipos y los tipos en reinos. Naturalmente cada unidad sistemática puede subdividirse después en unidades secundarias, como ocurre con las subespecies, los subórdenes y las subfamilias.
Otra novedad atribuible a Linné es la utilización de la nomenclatura binomial para indicar las distintas especies: cada especie animal o vegetal se indica mediante dos nombres latinos, de los que el primero, escrito con inicial mayúscula, se refiere al género y el segundo a la especie. Por ejemplo, el león el leopardo y el gato, a los que Linné clasificó en un mismo género (género Felis), se indicaban respectivamente con las denominaciones de Felis leo, Felis pardus y Felis catus.
Las actuales clasificaciones han modificado a menudo el esquema linneano de acuerdo con las recientes pruebas paleontológicas, embriológicas e inmunológicas que confirman y apoyan la teoría de la evolución.
