Estas transformaciones, que tienen lugar a través de la membrana celular, constituyen en su conjunto el metabolismo, en el que pueden distinguirse dos fases: una fase constructora o anabolismo, en la que la célula produce nueva materia viva utilizando para ello el material procedente del exterior, y una fase destructora o catabolismo, en la que la célula destruye las sustancias asimiladas para obtener la energía encerrada en las moléculas orgánicas y al mismo tiempo elimina todo cuanto no es utilizable por el organismo.
Para comprender mejor y de manera gráfica el modo cómo funciona la célula, imaginemos una jornada de trabajo (por así decir) de una ameba gigante, un protozoo de forma variable parecido a una gran gota de gelatina incolora, que vive en aguas estancadas o en charcos. Su cuerpo está formado por una célula y su citoplasma presenta dos zonas perfectamente diferenciadas: en el exterior, un estrato más denso (ectoplasma) que en cierto sentido desarrolla las funciones de la pared celular que falta, y en el interior una zona más fluida y escurridiza denominada endoplasma. La falta de membrana celular permite a la ameba desplazarse de un modo muy particular mediante la emisión y la retracción de protuberancias citoplasmáticas especiales, los pseudópodos o falsos pies, hinchados en la parte distal, hacia cuyo extremo es desplazada la totalidad del cuerpo del animal y por lo tanto varía su posición inicial.
En su desplazamiento a lo largo del tallo de una planta acuática o sobre el fondo de un estanque, a la ameba le es relativamente fácil localizar un poco de alimento, fagocitar un protozoo de tamaño todavía más pequeño, un alga unicelular o bien una diminuta bacteria.
Apenas la presa se encuentra a su alcance, inicia las operaciones de captura sirviéndose de los pseudópodos, que son extraordinariamente móviles. Para mayor seguridad, extiende un par de pseudópodos que rodean a la víctima como un anillo y, después de sujetarla, la engullen hacia el interior del citoplasma manteniéndola dentro de una especie de esfera. Al cabo de unos momentos, la presa comienza a disolverse: se produce el proceso de la digestión. El material que no es utilizable, es expulsado inmediatamente mediante la acción de una vacuola citoplasmática, a través de un punto determinado de la superficie celular. Un fenómeno completamente análogo tiene lugar cuando la ameba se engulle en su interior una gota de líquido.
En el caso de alimentos sólidos se habla de fagocitosis, mientras que la pinocitosis hace referencia a la introducción de sustancias líquidas. En el citoplasma de la ameba tomado como ejemplo es posible observar diversas vacuolas digestivas cuyo contenido se halla en diversos grados de digestión: naturalmente, dado que estos protozoos carecen tanto de boca como de año, la ingestión de alimentos y la expulsión de los desechos se producen en un punto indiferente de la superficie celular.
Algunas veces este tipo de introducción activa de materiales se ayuda con un transporte pasivo de sustancias realizado gracias a las propiedades de las cubiertas celulares que son semipermeables, es decir, pueden ser atravesadas por el solvente de una solución determinada, reteniendo las moléculas del soluto a fin de equilibrar una eventual diversidad de concentraciones entre los líquidos contenidos en la célula y los del medio ambiente externo. Ello se realiza a través del fenómeno físico de ósmosis, que determina una atracción de líquidos, especialmente agua, por parte de la solución más concentrada (en general, la del interior de la célula) con respecto a la más diluida. En los animales pluricelulares (más adelante se verá por qué ello no es aplicable a las plantas pluricelulares), la toma del alimento por parte de las células se realiza normalmente por absorción, también en este caso, antes de penetrar en la célula, los alimentos deben haberse transformado a fin de estar en condiciones de ser absorbidos.Para ello sufrir una digestión fuera de las células (por eso se llama digestión extracelular) a expensas de las enzimas producidas por las propias células y que son vertidos al exterior del cuerpo celular. Una excepción en este sentido lo constituyen las células de algunos vertebrados que conservan la propiedad de englobar diminutas partículas sólidas.